| 1. Journée | 15.08.2008 | SSV Reutlingen | - | SSV Ulm 1846 | 1:2 |  |
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| 2. Journée | 23.08.2008 | SSV Ulm 1846 | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:0 | ||||
| 3. Journée | 30.08.2008 | TSV Großbardorf | - | SSV Ulm 1846 | 2:2 | ||||
| 4. Journée | 13.09.2008 | SSV Ulm 1846 | - | SV Darmstadt 98 | 1:0 | ||||
| 5. Journée | 20.09.2008 | SV Wehen Wiesbaden II | - | SSV Ulm 1846 | 0:1 | |
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| 6. Journée | 26.09.2008 | SSV Ulm 1846 | - | SpVgg Unterhaching II | 3:0 | ||||
| 7. Journée | 05.10.2008 | Karlsruher SC II | - | SSV Ulm 1846 | 1:1 | ||||
| 8. Journée | 17.10.2008 | SSV Ulm 1846 | - | 1. FC Nürnberg II | 3:0 | ||||
| 9. Journée | 25.10.2008 | SC Pfullendorf | - | SSV Ulm 1846 | 2:1 | ||||
| 10. Journée | 29.10.2008 | SSV Ulm 1846 | - | Viktoria Aschaffenburg | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 01.11.2008 | SSV Ulm 1846 | - | 1. FC Eintracht Bamberg | 2:2 | ||||
| 15. Journée | 09.12.2008 | SSV Ulm 1846 | - | SpVgg Greuther Fürth II | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 25.04.2009 | Viktoria Aschaffenburg | - | SSV Ulm 1846 | 0:0 | ||||
| 28. Journée | 01.05.2009 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | SSV Ulm 1846 | 1:0 | ||||
| 29. Journée | 08.05.2009 | SSV Ulm 1846 | - | TSV 1860 München II | 3:0 | |
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