| 2. Journée | 26.08.2012 | 1. FC Union Berlin II | - | Energie Cottbus II | 2:2 |  |
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| 5. Journée | 23.09.2012 | Energie Cottbus II | - | Optik Rathenow | 2:3 | ||||
| 8. Journée | 21.10.2012 | ZFC Meuselwitz | - | Energie Cottbus II | 2:1 | ||||
| 9. Journée | 28.10.2012 | Energie Cottbus II | - | VFC Plauen | 0:1 | |
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| 10. Journée | 04.11.2012 | Hertha BSC II | - | Energie Cottbus II | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 10.11.2012 | Energie Cottbus II | - | Torgelower SV Greif | 2:2 | ||||
| 12. Journée | 16.11.2012 | RB Leipzig | - | Energie Cottbus II | 3:0 | ||||
| 13. Journée | 23.11.2012 | 1. FC Magdeburg | - | Energie Cottbus II | 2:2 | ||||
| 15. Journée | 08.12.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | Energie Cottbus II | 2:0 | ||||
| 14. Journée | 03.02.2013 | Energie Cottbus II | - | FSV Zwickau | 0:0 | ||||
| 19. Journée | 03.03.2013 | Energie Cottbus II | - | 1. FC Lok Leipzig | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 07.04.2013 | Energie Cottbus II | - | ZFC Meuselwitz | 2:3 | ||||
| 24. Journée | 14.04.2013 | VFC Plauen | - | Energie Cottbus II | 2:0 | ||||
| 18. Journée | 17.04.2013 | TSG Neustrelitz | - | Energie Cottbus II | 3:0 | ||||
| 29. Journée | 19.05.2013 | FSV Zwickau | - | Energie Cottbus II | 0:0 |
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