| 1. Journée | 16.08.2008 | SF Troisdorf 05 [B-jeun] | - | 1. FC Köln [B-jeun] | 1:7 |  |
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| 2. Journée | 23.08.2008 | Rot-Weiss Essen [B-jeun] | - | 1. FC Köln [B-jeun] | 0:1 | ||||
| 3. Journée | 31.08.2008 | 1. FC Köln [B-jeun] | - | Preußen Münster [B-jeun] | 3:0 | ||||
| 4. Journée | 14.09.2008 | TSC Eintracht Dortmund [B-jeun] | - | 1. FC Köln [B-jeun] | 1:0 | ||||
| 6. Journée | 04.10.2008 | 1. FC Köln [B-jeun] | - | FC Schalke 04 [B-jeun] | 4:1 | |
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| 14. Journée | 11.10.2008 | 1. FC Köln [B-jeun] | - | SF Troisdorf 05 [B-jeun] | 4:2 | ||||
| 7. Journée | 26.10.2008 | Borussia Dortmund [B-jeun] | - | 1. FC Köln [B-jeun] | 2:0 | ||||
| 8. Journée | 02.11.2008 | 1. FC Köln [B-jeun] | - | Alemannia Aachen [B-jeun] | 4:0 | ||||
| 9. Journée | 09.11.2008 | Arminia Bielefeld [B-jeun] | - | 1. FC Köln [B-jeun] | 0:1 | ||||
| 10. Journée | 16.11.2008 | 1. FC Köln [B-jeun] | - | Wuppertaler SV [B-jeun] | 2:1 | ||||
| 15. Journée | 25.03.2009 | 1. FC Köln [B-jeun] | - | Rot-Weiss Essen [B-jeun] | 3:0 | ||||
| 20. Journée | 05.04.2009 | 1. FC Köln [B-jeun] | - | Borussia Dortmund [B-jeun] | 3:3 | ||||
| 22. Journée | 26.04.2009 | 1. FC Köln [B-jeun] | - | Arminia Bielefeld [B-jeun] | 1:1 |
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