| 21. Journée | 10.11.2012 | TSV 1860 Rosenheim | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:0 | ||||
| 22. Journée | 16.11.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Nürnberg II | 2:2 | ||||
| 25. Journée | 16.04.2013 | Eintracht Bamberg | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 27.04.2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | SpVgg Bayern Hof | 1:3 |  |
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| 26. Journée | 30.04.2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 35. Journée | 03.05.2013 | SV Heimstetten | - | FC Ingolstadt 04 II | 5:4 |  |
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| 38. Journée | 24.05.2013 | FC Ingolstadt 04 II | - | FC Memmingen | 2:1 |
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