| 16. Journée | 23.03.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | FSV Zwickau | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 06.04.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | Germania Halberstadt | 1:1 |  |
|||
| 25. Journée | 20.04.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | ZFC Meuselwitz | 4:1 | ||||
| 17. Journée | 24.04.2013 | 1. FC Magdeburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 |  |
|||
| 19. Journée | 15.05.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Union Berlin II | 1:0 | ||||
| 29. Journée | 19.05.2013 | FC Carl Zeiss Jena | - | RB Leipzig | 4:5 | |
|||
| 22. Journée | 22.05.2013 | Optik Rathenow | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:3 |  |
|||
| 30. Journée | 25.05.2013 | Energie Cottbus II | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:4 | |
Kosovo