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| H (Match allé) | Bangor City | - | Gloria Bistrița (old) | 0:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Gloria Bistrița (old) | - | Bangor City | 5:2 (1:1) | ||
| H (Match allé): 21.06.2003 16:00 | R (match retour): 28.06.2003 15:00 | vainqueur: Gloria Bistrița (old) | ||||
| H (Match allé) | Shakhter Soligorsk | - | Omagh Town FC | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Omagh Town FC | - | Shakhter Soligorsk | 1:7 (1:4) | ||
| H (Match allé): 21.06.2003 17:00 | R (match retour): 28.06.2003 18:00 | vainqueur: Shakhter Soligorsk | ||||
| H (Match allé) | FK Partizani | - | Maccabi Netanya | 2:0 (2:0) | ||
| R (match retour) | Maccabi Netanya | - | FK Partizani | 3:1 (1:1) | ||
| H (Match allé): 21.06.2003 18:00 | R (match retour): 28.06.2003 17:00 | vainqueur: FK Partizani | ||||
| H (Match allé) | 1. FC Brno | - | FC Kotayk | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | FC Kotayk | - | 1. FC Brno | 3:2 (1:0) | ||
| H (Match allé): 21.06.2003 18:00 | R (match retour): 28.06.2003 16:00 | vainqueur: 1. FC Brno | ||||
| H (Match allé) | FC Dinaburg | - | FC Wil 1900 | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | FC Wil 1900 | - | FC Dinaburg | 2:0 (2:0) | ||
| H (Match allé): 21.06.2003 18:00 | R (match retour): 29.06.2003 18:00 | vainqueur: FC Wil 1900 | ||||
| H (Match allé) | ZTS Dubnica | - | Olympiakos Nikosia | 3:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Olympiakos Nikosia | - | ZTS Dubnica | 1:4 (0:3) | ||
| H (Match allé): 21.06.2003 18:00 | R (match retour): 28.06.2003 19:00 | vainqueur: ZTS Dubnica | ||||
| H (Match allé) | Dacia Chişinău | - | GÍ Gøta | 4:1 (1:0) | ||
| R (match retour) | GÍ Gøta | - | Dacia Chişinău | 0:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 21.06.2003 18:00 | R (match retour): 28.06.2003 20:00 | vainqueur: Dacia Chişinău | ||||
| H (Match allé) | OFK Beograd | - | JK Narva Trans | ann. | ||
| R (match retour) | JK Narva Trans | - | OFK Beograd | 3:5 (3:2, 3:3) ap | ||
| H (Match allé): 21.06.2003 18:15 | R (match retour): 29.06.2003 16:00 | vainqueur: OFK Beograd | ||||
| H (Match allé) | Sloboda Tuzla | - | KA Akureyri | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | KA Akureyri | - | Sloboda Tuzla | 2:3 (0:1, 1:1, 1:1) tab | ||
| H (Match allé): 21.06.2003 19:00 | R (match retour): 28.06.2003 17:00 | vainqueur: Sloboda Tuzla | ||||
| H (Match allé) | Győri ETO FC | - | Ethnikos Achna | 1:1 (0:1) | ||
| R (match retour) | Ethnikos Achna | - | Győri ETO FC | 2:2 (2:1) | ||
| H (Match allé): 21.06.2003 20:00 | R (match retour): 28.06.2003 16:00 | vainqueur: Győri ETO FC | ||||
| H (Match allé) | Odra Wodzisław | - | Shamrock Rovers | 1:2 (0:0) | ||
| R (match retour) | Shamrock Rovers | - | Odra Wodzisław | 1:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 21.06.2003 20:00 | R (match retour): 29.06.2003 16:15 | vainqueur: Shamrock Rovers | ||||
| H (Match allé) | FC Encamp | - | Lierse SK | 0:3 (0:2) | ||
| R (match retour) | Lierse SK | - | FC Encamp | 4:1 (2:1) | ||
| H (Match allé): 22.06.2003 12:00 | R (match retour): 29.06.2003 18:00 | vainqueur: Lierse SK | ||||
| H (Match allé) | FK Zalgiris | - | Örgryte IS | 1:1 (0:0) | ||
| R (match retour) | Örgryte IS | - | FK Zalgiris | 3:0 (0:0) | ||
| H (Match allé): 22.06.2003 16:00 | R (match retour): 28.06.2003 15:00 | vainqueur: Örgryte IS | ||||
| H (Match allé) | Sport Line Koper | - | NK Zagreb | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | NK Zagreb | - | Sport Line Koper | 2:2 (0:1) | ||
| H (Match allé): 22.06.2003 17:30 | R (match retour): 28.06.2003 17:30 | vainqueur: Sport Line Koper | ||||
| H (Match allé) | FK Sutjeska | - | Union Luxembourg | 3:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Union Luxembourg | - | FK Sutjeska | 1:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 22.06.2003 17:30 | R (match retour): 29.06.2003 17:00 | vainqueur: FK Sutjeska | ||||
| H (Match allé) | AC Allianssi | - | Hibernians FC | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | Hibernians FC | - | AC Allianssi | 1:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 22.06.2003 17:30 | R (match retour): 28.06.2003 17:30 | vainqueur: AC Allianssi | ||||
| H (Match allé) | SV PlusCity Pasching | - | WIT Georgia | 1:0 (0:0) | ||
| R (match retour) | WIT Georgia | - | SV PlusCity Pasching | 2:1 (0:0) | ||
| H (Match allé): 22.06.2003 18:00 | R (match retour): 28.06.2003 15:00 | vainqueur: SV PlusCity Pasching | ||||
| H (Match allé) | Spartak Trnava | - | FK Pobeda | 1:5 (1:3) | ||
| R (match retour) | FK Pobeda | - | Spartak Trnava | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 22.06.2003 18:00 | R (match retour): 28.06.2003 17:30 | vainqueur: FK Pobeda | ||||
| H (Match allé) | Videoton FC | - | Marek Dupnitza | 2:2 (2:0) | ||
| R (match retour) | Marek Dupnitza | - | Videoton FC | 3:2 (2:0, 2:2) ap | ||
| H (Match allé): 22.06.2003 18:00 | R (match retour): 29.06.2003 16:30 | vainqueur: Marek Dupnitza | ||||
| H (Match allé) | Tampere United | - | Ceahlăul Piatra Neamt | 1:0 (1:0) | ||
| R (match retour) | Ceahlăul Piatra Neamt | - | Tampere United | 2:1 (1:0) | ||
| H (Match allé): 22.06.2003 18:00 | R (match retour): 29.06.2003 17:00 | vainqueur: Tampere United | ||||
| H (Match allé) | Polonia Warszawa | - | Tobyl Kostanay | 0:3 (0:1) | ||
| R (match retour) | Tobyl Kostanay | - | Polonia Warszawa | 2:1 (0:1) | ||
| H (Match allé): 22.06.2003 18:00 | R (match retour): 29.06.2003 14:00 | vainqueur: Tobyl Kostanay | ||||
