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| Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour | » 1. Mi-temps | 2. Mi-temps |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SV Sandhausen (A) | 28 | 14 | 10 | 4 | 24:14 | 10 | 52 |
| 2 |
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SpVgg Unterhaching (N) | 28 | 10 | 13 | 5 | 21:13 | 8 | 43 |
| 3 |
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Jahn Regensburg (A) | 28 | 9 | 16 | 3 | 20:12 | 8 | 43 |
| 4 |
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SSV Ulm 1846 (N) | 28 | 11 | 10 | 7 | 21:17 | 4 | 43 |
| 5 |
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TSV 1860 München | 28 | 10 | 12 | 6 | 15:12 | 3 | 42 |
| 6 |
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FC Ingolstadt 04 | 28 | 10 | 10 | 8 | 21:17 | 4 | 40 |
| 7 |
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Borussia Dortmund II | 28 | 10 | 10 | 8 | 21:19 | 2 | 40 |
| 8 |
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Dynamo Dresden | 28 | 9 | 11 | 8 | 22:17 | 5 | 38 |
| 9 |
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1. FC Saarbrücken | 28 | 7 | 17 | 4 | 19:14 | 5 | 38 |
| 10 |
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SC Verl | 28 | 8 | 14 | 6 | 22:21 | 1 | 38 |
| 11 |
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Preußen Münster (N) | 28 | 6 | 17 | 5 | 21:15 | 6 | 35 |
| 12 |
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Erzgebirge Aue | 28 | 7 | 13 | 8 | 14:16 | -2 | 34 |
| 13 |
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Rot-Weiss Essen | 28 | 8 | 10 | 10 | 15:19 | -4 | 34 |
| 14 |
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Waldhof Mannheim | 28 | 8 | 9 | 11 | 16:18 | -2 | 33 |
| 15 |
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MSV Duisburg | 28 | 6 | 13 | 9 | 15:18 | -3 | 31 |
| 16 |
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Arminia Bielefeld (A) | 28 | 7 | 10 | 11 | 17:21 | -4 | 31 |
| 17 |
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Viktoria Köln | 28 | 6 | 13 | 9 | 15:20 | -5 | 31 |
| 18 |
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VfB Lübeck (N) | 28 | 6 | 11 | 11 | 11:24 | -13 | 29 |
| 19 |
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Hallescher FC | 28 | 6 | 9 | 13 | 21:31 | -10 | 27 |
| 20 |
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SC Freiburg II | 28 | 4 | 8 | 16 | 13:26 | -13 | 20 |
| Promotion | |
| Relégation | |
| Relégation |
