| 24. Journée | 16.08.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | FC Flora | 1:4 | ||||
| 26. Journée | 23.08.2016 | FC Flora | - | FC Infonet | 3:0 | ||||
| 27. Journée | 27.08.2016 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 3:3 | ||||
| 29. Journée | 13.09.2016 | FC Flora | - | FC Infonet | 2:1 | ||||
| 30. Journée | 16.09.2016 | JK Tammeka | - | FC Flora | 3:2 | ||||
| 34. Journée | 22.10.2016 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 4:0 |
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