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| 21.10.2016 | 18:00 | JK Narva Trans | - | FC Infonet | 0:0 (0:0) | |
| 22.10.2016 | 12:00 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Tammeka | 1:2 (0:1) | |
| 12:00 | FC Levadia | - | Pärnu Linnameeskond | 2:0 (1:0) | ||
| 12:00 | JK Nõmme Kalju | - | Rakvere JK Tarvas | 2:0 (1:0) | ||
| 15:00 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 4:0 (2:0) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 34 | 22 | 8 | 4 | 69:31 | 38 | 74 |
| 2 |
|
FC Flora | 34 | 21 | 9 | 4 | 92:26 | 66 | 72 |
| 3 |
|
FC Levadia | 34 | 22 | 6 | 6 | 74:29 | 45 | 72 |
| 4 |
|
JK Nõmme Kalju | 34 | 21 | 9 | 4 | 68:26 | 42 | 72 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 34 | 13 | 8 | 13 | 59:52 | 7 | 47 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 34 | 14 | 5 | 15 | 57:58 | -1 | 47 |
| 7 |
|
JK Tammeka | 34 | 11 | 5 | 18 | 40:64 | -24 | 38 |
| 8 |
|
JK Narva Trans | 34 | 10 | 7 | 17 | 53:67 | -14 | 37 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 34 | 5 | 2 | 27 | 23:88 | -65 | 17 |
| 10 |
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Rakvere JK Tarvas | 34 | 0 | 3 | 31 | 15:109 | -94 | 3 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
