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| 16.09.2016 | 18:00 | JK Tammeka | - | FC Flora | 3:2 (1:0) | |
| 17.09.2016 | 12:00 | Paide Linnameeskond | - | FC Levadia | 0:4 (0:2) | |
| 12:00 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Narva Trans | 2:1 (2:1) | ||
| 12:00 | Rakvere JK Tarvas | - | FC Infonet | 0:1 (0:0) | ||
| 15:00 | Pärnu Linnameeskond | - | JK Nõmme Kalju | 1:5 (0:3) |
| » Classement | équipe recevante | à l'extérieur | Premier tour | Second tour |
| # | Équipe | M. | G. | N. | P. | Buts | Diff. | Pts. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Infonet | 30 | 20 | 6 | 4 | 65:29 | 36 | 66 |
| 2 |
|
FC Levadia | 30 | 20 | 5 | 5 | 64:24 | 40 | 65 |
| 3 |
|
JK Nõmme Kalju | 30 | 18 | 9 | 3 | 60:23 | 37 | 63 |
| 4 |
|
FC Flora | 30 | 17 | 9 | 4 | 76:25 | 51 | 60 |
| 5 |
|
JK Sillamäe Kalev | 30 | 12 | 8 | 10 | 53:43 | 10 | 44 |
| 6 |
|
Paide Linnameeskond | 30 | 11 | 5 | 14 | 49:52 | -3 | 38 |
| 7 |
|
JK Tammeka | 30 | 10 | 5 | 15 | 37:54 | -17 | 35 |
| 8 |
|
JK Narva Trans | 30 | 9 | 6 | 15 | 47:62 | -15 | 33 |
| 9 |
|
Pärnu Linnameeskond | 30 | 5 | 1 | 24 | 21:78 | -57 | 16 |
| 10 |
|
Rakvere JK Tarvas | 30 | 0 | 2 | 28 | 14:96 | -82 | 2 |
| Champions League Quali. | |
| Relégation | |
| Relégation |
