| 1. Journée | 05.03.2006 | FC Tokyo | - | Oita Trinita | 2:0 |  |
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| 2. Journée | 11.03.2006 | Albirex Niigata | - | FC Tokyo | 2:0 |  |
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| 4. Journée | 21.03.2006 | Kawasaki Frontale | - | FC Tokyo | 2:2 | ||||
| 10. Journée | 29.04.2006 | FC Tokyo | - | Nagoya Grampus Eight | 2:1 | ||||
| 11. Journée | 03.05.2006 | Ventforet Kofu | - | FC Tokyo | 1:3 | ||||
| 12. Journée | 06.05.2006 | FC Tokyo | - | RB Omiya Ardija | 1:2 | ||||
| 13. Journée | 19.07.2006 | Avispa Fukuoka | - | FC Tokyo | 0:0 | ||||
| 14. Journée | 22.07.2006 | FC Tokyo | - | Kashima Antlers | 2:4 | ||||
| 16. Journée | 29.07.2006 | FC Tokyo | - | Sanfrecce Hiroshima | 0:2 |
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