| 1. Journée | 30.07.2000 | Bayern München II | - | VfR Mannheim | 2:4 |  |
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| 3. Journée | 13.08.2000 | Bayern München II | - | Kickers Offenbach | 3:2 | |
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| 6. Journée | 02.09.2000 | SV Wehen-Taunusstein | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 7. Journée | 10.09.2000 | Bayern München II | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:2 |  |
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| 11. Journée | 08.10.2000 | Bayern München II | - | SV 07 Elversberg | 1:2 | |
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| 13. Journée | 22.10.2000 | Bayern München II | - | Wacker Burghausen | 3:1 | ||||
| 14. Journée | 28.10.2000 | Jahn Regensburg | - | Bayern München II | 6:1 | ||||
| 15. Journée | 05.11.2000 | Bayern München II | - | Eintracht Trier | 1:2 | |
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| 16. Journée | 11.11.2000 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern München II | 2:5 | |
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| 17. Journée | 19.11.2000 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 25.11.2000 | VfR Mannheim | - | Bayern München II | 4:1 | |
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| 19. Journée | 03.12.2000 | Bayern München II | - | VfB Stuttgart II | 3:0 | |
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| 21. Journée | 25.02.2001 | Bayern München II | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 0:1 | ||||
| 23. Journée | 11.03.2001 | Bayern München II | - | SV Wehen-Taunusstein | 0:1 | ||||
| 25. Journée | 01.04.2001 | Bayern München II | - | Sportfreunde Siegen | 4:2 |
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