| 29. Journée | 04.02.2017 | Blackpool FC | - | Colchester United | 1:1 |  |
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| 30. Journée | 11.02.2017 | Colchester United | - | Barnet FC | 2:1 | ||||
| 31. Journée | 14.02.2017 | Colchester United | - | Crawley Town | 2:3 | ||||
| 32. Journée | 18.02.2017 | Accrington Stanley | - | Colchester United | 2:1 | ||||
| 28. Journée | 21.02.2017 | Colchester United | - | Wycombe Wanderers | 1:0 | ||||
| 33. Journée | 25.02.2017 | Colchester United | - | Hartlepool United | 2:1 | ||||
| 34. Journée | 28.02.2017 | Grimsby Town | - | Colchester United | 1:0 | ||||
| 35. Journée | 04.03.2017 | Cambridge United | - | Colchester United | 1:1 | ||||
| 36. Journée | 11.03.2017 | Colchester United | - | Portsmouth FC | 0:4 | ||||
| 37. Journée | 14.03.2017 | Colchester United | - | Mansfield Town | 2:0 | |
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| 38. Journée | 18.03.2017 | Crewe Alexandra | - | Colchester United | 2:0 | ||||
| 40. Journée | 01.04.2017 | Notts County | - | Colchester United | 3:1 | ||||
| 42. Journée | 14.04.2017 | Colchester United | - | Doncaster Rovers | 1:1 | ||||
| 45. Journée | 29.04.2017 | Leyton Orient | - | Colchester United | 1:3 | ||||
| 46. Journée | 06.05.2017 | Colchester United | - | Yeovil Town | 2:0 |
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