| 4. Journée | 26.08.2019 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 2:1 |  |
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| 6. Journée | 16.09.2019 | FC St. Pauli | - | Hamburger SV | 2:0 | ||||
| 7. Journée | 22.09.2019 | VfL Osnabrück | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 8. Journée | 29.09.2019 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 2:0 | ||||
| 9. Journée | 06.10.2019 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 27.10.2019 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 12. Journée | 02.11.2019 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 2:2 | ||||
| 19. Journée | 28.01.2020 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 20. Journée | 01.02.2020 | FC St. Pauli | - | VfB Stuttgart | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 22.02.2020 | Hamburger SV | - | FC St. Pauli | 0:2 |  |
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| 24. Journée | 01.03.2020 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 3:1 | ||||
| 25. Journée | 08.03.2020 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 2:2 |  |
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| 26. Journée | 17.05.2020 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 1:0 | ||||
| 31. Journée | 14.06.2020 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 2:1 | |
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| 32. Journée | 17.06.2020 | Hannover 96 | - | FC St. Pauli | 4:0 | ||||
| 33. Journée | 21.06.2020 | FC St. Pauli | - | Jahn Regensburg | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 28.06.2020 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC St. Pauli | 5:3 |
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