| 5. Journée | 08.09.2012 | Brentford FC | - | Colchester United | 1:0 | ||||
| 6. Journée | 15.09.2012 | Colchester United | - | Doncaster Rovers | 1:2 | ||||
| 7. Journée | 18.09.2012 | Colchester United | - | Crawley Town | 1:1 | ||||
| 8. Journée | 22.09.2012 | Scunthorpe United | - | Colchester United | 1:0 | ||||
| 9. Journée | 29.09.2012 | Colchester United | - | Hartlepool United | 3:1 | ||||
| 22. Journée | 15.12.2012 | AFC Bournemouth | - | Colchester United | 1:0 | ||||
| 23. Journée | 22.12.2012 | Walsall FC | - | Colchester United | 1:0 |  |
|||
| 24. Journée | 26.12.2012 | Colchester United | - | Brentford FC | 1:3 | ||||
| 26. Journée | 01.01.2013 | Crawley Town | - | Colchester United | 3:0 | ||||
| 27. Journée | 05.01.2013 | Doncaster Rovers | - | Colchester United | 1:0 | ||||
| 46. Journée | 27.04.2013 | Carlisle United | - | Colchester United | 0:2 |
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