| 27. Journée | 08.01.2007 | Milton Keynes Dons | - | Lincoln City | 2:2 | ||||
| 28. Journée | 13.01.2007 | Hartlepool United | - | Milton Keynes Dons | 1:0 | ||||
| 29. Journée | 20.01.2007 | Milton Keynes Dons | - | Barnet FC | 3:1 |  |
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| 30. Journée | 27.01.2007 | Rochdale AFC | - | Milton Keynes Dons | 5:0 | ||||
| 31. Journée | 03.02.2007 | Bury FC | - | Milton Keynes Dons | 0:2 | ||||
| 33. Journée | 17.02.2007 | Bristol Rovers | - | Milton Keynes Dons | 1:1 | |
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| 34. Journée | 20.02.2007 | Milton Keynes Dons | - | Mansfield Town | 1:1 | ||||
| 36. Journée | 03.03.2007 | Milton Keynes Dons | - | Boston United | 3:2 | ||||
| 37. Journée | 10.03.2007 | Peterborough United | - | Milton Keynes Dons | 4:0 | ||||
| 32. Journée | 13.03.2007 | Milton Keynes Dons | - | Macclesfield Town | 3:0 | ||||
| 38. Journée | 17.03.2007 | Milton Keynes Dons | - | Wrexham FC | 2:1 | ||||
| 39. Journée | 25.03.2007 | Milton Keynes Dons | - | Walsall FC | 1:1 | ||||
| 40. Journée | 31.03.2007 | Hereford United | - | Milton Keynes Dons | 0:0 | ||||
| 41. Journée | 07.04.2007 | Milton Keynes Dons | - | Grimsby Town | 1:2 | ||||
| 42. Journée | 09.04.2007 | Shrewsbury Town | - | Milton Keynes Dons | 2:1 |  |
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| 46. Journée | 05.05.2007 | Milton Keynes Dons | - | Accrington Stanley | 3:1 |  |
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