| 1er tour | 24.09.2003 | Villarreal CF | - | Trabzonspor | 0:0 | ||||
| 1er tour | 15.10.2003 | Trabzonspor | - | Villarreal CF | 2:3 |  |
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| 2e tour | 06.11.2003 | Villarreal CF | - | Torpedo Moskva | 2:0 |  |
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| 2e tour | 27.11.2003 | Torpedo Moskva | - | Villarreal CF | 1:0 | ||||
| 3e tour | 26.02.2004 | Galatasaray | - | Villarreal CF | 2:2 | |
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| 3e tour | 03.03.2004 | Villarreal CF | - | Galatasaray | 3:0 | |
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| tour des 16 | 11.03.2004 | Villarreal CF | - | AS Roma | 2:0 | ||||
| tour des 16 | 25.03.2004 | AS Roma | - | Villarreal CF | 2:1 | ||||
| Quarts de finale | 08.04.2004 | Celtic FC | - | Villarreal CF | 1:1 | ||||
| Quarts de finale | 14.04.2004 | Villarreal CF | - | Celtic FC | 2:0 | ||||
| Demi-finales | 22.04.2004 | Villarreal CF | - | Valencia CF | 0:0 | ||||
| Demi-finales | 06.05.2004 | Valencia CF | - | Villarreal CF | 1:0 |
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