| 9. Journée | 29.09.2012 | Colchester United | - | Hartlepool United | 3:1 | ||||
| 10. Journée | 02.10.2012 | Swindon Town | - | Colchester United | 0:1 |  |
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| 11. Journée | 06.10.2012 | Yeovil Town | - | Colchester United | 3:1 | ||||
| 12. Journée | 13.10.2012 | Colchester United | - | Stevenage FC | 1:0 | ||||
| 13. Journée | 20.10.2012 | Colchester United | - | Carlisle United | 2:0 |  |
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| 14. Journée | 23.10.2012 | Leyton Orient | - | Colchester United | 0:2 | ||||
| 15. Journée | 27.10.2012 | Shrewsbury Town | - | Colchester United | 2:2 | |
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| 16. Journée | 06.11.2012 | Colchester United | - | Notts County | 0:2 | ||||
| 17. Journée | 10.11.2012 | Crewe Alexandra | - | Colchester United | 3:2 | ||||
| 18. Journée | 17.11.2012 | Colchester United | - | Bury FC | 2:0 | |
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| 19. Journée | 20.11.2012 | Colchester United | - | Coventry City | 1:3 | ||||
| 20. Journée | 24.11.2012 | Milton Keynes Dons | - | Colchester United | 5:1 |
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