| 3e tour | 18.02.2009 | Werder Bremen | - | AC Milan | 1:1 | ||||
| 3e tour | 26.02.2009 | AC Milan | - | Werder Bremen | 2:2 | ||||
| tour des 16 | 12.03.2009 | Werder Bremen | - | AS Saint-Étienne | 1:0 | ||||
| tour des 16 | 18.03.2009 | AS Saint-Étienne | - | Werder Bremen | 2:2 | ||||
| Quarts de finale | 09.04.2009 | Werder Bremen | - | Udinese Calcio | 3:1 |  |
|||
| Quarts de finale | 16.04.2009 | Udinese Calcio | - | Werder Bremen | 3:3 | ||||
| Demi-finales | 30.04.2009 | Werder Bremen | - | Hamburger SV | 0:1 | |
|||
| Finale | 20.05.2009 | Shakhtar Donetsk | - | Werder Bremen | 2:1 ap | |
Grèce