| 1. Journée | 05.03.2006 | FC Tokyo | - | Oita Trinita | 2:0 | ||||
| 2. Journée | 11.03.2006 | Albirex Niigata | - | FC Tokyo | 2:0 | ||||
| 4. Journée | 21.03.2006 | Kawasaki Frontale | - | FC Tokyo | 2:2 | ||||
| 6. Journée | 01.04.2006 | Yokohama F. Marinos | - | FC Tokyo | 1:1 |  |
|||
| 7. Journée | 08.04.2006 | FC Tokyo | - | Júbilo Iwata | 3:1 | ||||
| 8. Journée | 15.04.2006 | FC Tokyo | - | JEF United Chiba | 2:3 | ||||
| 12. Journée | 06.05.2006 | FC Tokyo | - | RB Omiya Ardija | 1:2 | ||||
| 13. Journée | 19.07.2006 | Avispa Fukuoka | - | FC Tokyo | 0:0 |  |
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| 17. Journée | 12.08.2006 | Urawa Red Diamonds | - | FC Tokyo | 4:0 | ||||
| 20. Journée | 26.08.2006 | Shimizu S-Pulse | - | FC Tokyo | 2:0 | ||||
| 21. Journée | 30.08.2006 | FC Tokyo | - | Cerezo Osaka | 2:3 | ||||
| 29. Journée | 28.10.2006 | RB Omiya Ardija | - | FC Tokyo | 0:1 | |
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| 30. Journée | 11.11.2006 | FC Tokyo | - | Kawasaki Frontale | 5:4 | ||||
| 31. Journée | 18.11.2006 | Júbilo Iwata | - | FC Tokyo | 4:1 |
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