| 6. Journée | 11.04.2021 | Tallinna JK Legion | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 7. Journée | 17.04.2021 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 5:0 | ||||
| 8. Journée | 20.04.2021 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 3:3 | ||||
| 9. Journée | 25.04.2021 | FC Flora | - | FCI Levadia | 0:0 | ||||
| 11. Journée | 05.05.2021 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 12. Journée | 08.05.2021 | FC Flora | - | Tallinna JK Legion | 2:1 | ||||
| 15. Journée | 26.05.2021 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 0:2 | ||||
| 16. Journée | 29.05.2021 | FC Flora | - | Tulevik Viljandi | 3:0 |  |
|||
| 1. Journée | 13.06.2021 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 2:0 | ||||
| 2. Journée | 25.06.2021 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 16.07.2021 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 0:4 | ||||
| 5. Journée | 31.07.2021 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 14.08.2021 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 1:0 | ||||
| 25. Journée | 26.09.2021 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 2:2 | ||||
| 26. Journée | 03.10.2021 | FC Flora | - | JK Tammeka | 3:0 | |
|||
| 4. Journée | 24.10.2021 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 2:2 |
Estonie