| 13. Journée | 28.07.2009 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 4:1 |  |
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| 14. Journée | 18.08.2009 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 3:0 | |
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| 27. Journée | 12.09.2009 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 3:2 | |
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| 31. Journée | 17.10.2009 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:6 | |
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| 21. Journée | 20.10.2009 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 4:1 | |
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| 36. Journée | 10.11.2009 | JK Tammeka | - | FC Flora | 0:4 | |
Estonie