| 4. Journée | 21.03.2006 | Kawasaki Frontale | - | FC Tokyo | 2:2 | ||||
| 5. Journée | 26.03.2006 | FC Tokyo | - | Kyoto Purple Sanga | 2:1 | ||||
| 6. Journée | 01.04.2006 | Yokohama F. Marinos | - | FC Tokyo | 1:1 | ||||
| 7. Journée | 08.04.2006 | FC Tokyo | - | Júbilo Iwata | 3:1 |  |
|||
| 8. Journée | 15.04.2006 | FC Tokyo | - | JEF United Chiba | 2:3 | ||||
| 9. Journée | 22.04.2006 | Gamba Osaka | - | FC Tokyo | 1:0 | ||||
| 13. Journée | 19.07.2006 | Avispa Fukuoka | - | FC Tokyo | 0:0 | ||||
| 16. Journée | 29.07.2006 | FC Tokyo | - | Sanfrecce Hiroshima | 0:2 |  |
|||
| 21. Journée | 30.08.2006 | FC Tokyo | - | Cerezo Osaka | 2:3 | ||||
| 22. Journée | 09.09.2006 | FC Tokyo | - | Ventforet Kofu | 1:3 | ||||
| 23. Journée | 16.09.2006 | Kyoto Purple Sanga | - | FC Tokyo | 1:0 | |
|||
| 25. Journée | 30.09.2006 | FC Tokyo | - | Albirex Niigata | 1:4 | ||||
| 34. Journée | 02.12.2006 | Oita Trinita | - | FC Tokyo | 0:1 |
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