| 1. Journée | 20.09.1999 | Skoda Xanthi | - | Aris Saloniki | 0:0 | ||||
| 2. Journée | 26.09.1999 | Aris Saloniki | - | Panachaiki GE | 2:0 | ||||
| 3. Journée | 04.10.1999 | AO Proodeftiki | - | Aris Saloniki | 0:1 | ||||
| 4. Journée | 16.10.1999 | Aris Saloniki | - | Panionios GSS | 5:1 |  |
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| 5. Journée | 24.10.1999 | Apollon Smyrnis | - | Aris Saloniki | 3:3 | |
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| 6. Journée | 31.10.1999 | Aris Saloniki | - | AO Kavala | 1:0 | ||||
| 11. Journée | 12.12.1999 | Aris Saloniki | - | Ethnikos Asteras | 1:1 | ||||
| 15. Journée | 17.01.2000 | Aris Saloniki | - | Ionikos Nikea | 1:1 | |
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| 16. Journée | 23.01.2000 | Aris Saloniki | - | PS Kalamata | 6:1 | ||||
| 17. Journée | 30.01.2000 | OFI Heraklion | - | Aris Saloniki | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 06.02.2000 | Aris Saloniki | - | Skoda Xanthi | 0:1 | ||||
| 21. Journée | 27.02.2000 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 1:3 | ||||
| 22. Journée | 05.03.2000 | Aris Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 2:1 | ||||
| 23. Journée | 12.03.2000 | AO Kavala | - | Aris Saloniki | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 19.03.2000 | Aris Saloniki | - | AO Trikala | 3:3 | |
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| 27. Journée | 12.04.2000 | Aris Saloniki | - | Panathinaikos | 0:2 | ||||
| 29. Journée | 22.04.2000 | Aris Saloniki | - | Iraklis Saloniki | 2:1 | |
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