| 5. Journée | 19.09.2008 | MSV Duisburg | - | Alemannia Aachen | 3:2 | ||||
| 7. Journée | 03.10.2008 | SC Freiburg | - | MSV Duisburg | 2:0 | ||||
| 13. Journée | 16.11.2008 | SpVgg Greuther Fürth | - | MSV Duisburg | 4:3 |  |
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| 14. Journée | 21.11.2008 | MSV Duisburg | - | FSV Frankfurt | 0:0 | ||||
| 15. Journée | 30.11.2008 | Rot-Weiß Oberhausen | - | MSV Duisburg | 0:3 |  |
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| 16. Journée | 07.12.2008 | MSV Duisburg | - | 1. FC Kaiserslautern | 0:0 | ||||
| 17. Journée | 12.12.2008 | VfL Osnabrück | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 01.02.2009 | Hansa Rostock | - | MSV Duisburg | 0:1 | ||||
| 20. Journée | 15.02.2009 | FC Augsburg | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 21. Journée | 22.02.2009 | MSV Duisburg | - | TSV 1860 München | 4:1 | ||||
| 23. Journée | 09.03.2009 | MSV Duisburg | - | 1. FC Nürnberg | 2:2 | ||||
| 27. Journée | 12.04.2009 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 2:2 | ||||
| 28. Journée | 19.04.2009 | MSV Duisburg | - | TuS Koblenz | 2:3 | ||||
| 30. Journée | 04.05.2009 | MSV Duisburg | - | SpVgg Greuther Fürth | 2:0 | ||||
| 31. Journée | 08.05.2009 | FSV Frankfurt | - | MSV Duisburg | 0:0 | |
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| 32. Journée | 12.05.2009 | MSV Duisburg | - | Rot-Weiß Oberhausen | 1:1 |
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