| 1. Journée | 05.03.2006 | Júbilo Iwata | - | Avispa Fukuoka | 1:1 | ||||
| 2. Journée | 11.03.2006 | Urawa Red Diamonds | - | Júbilo Iwata | 3:1 | ||||
| 3. Journée | 18.03.2006 | Júbilo Iwata | - | Kyoto Purple Sanga | 1:1 |  |
|||
| 4. Journée | 21.03.2006 | Albirex Niigata | - | Júbilo Iwata | 0:2 | ||||
| 5. Journée | 25.03.2006 | Júbilo Iwata | - | Kawasaki Frontale | 1:2 | ||||
| 11. Journée | 12.07.2006 | Gamba Osaka | - | Júbilo Iwata | 2:2 | ||||
| 13. Journée | 19.07.2006 | RB Omiya Ardija | - | Júbilo Iwata | 2:1 | ||||
| 14. Journée | 22.07.2006 | Júbilo Iwata | - | Cerezo Osaka | 3:1 | |
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| 16. Journée | 29.07.2006 | Shimizu S-Pulse | - | Júbilo Iwata | 2:0 | ||||
| 17. Journée | 12.08.2006 | Júbilo Iwata | - | Kashima Antlers | 3:3 | |
 |
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| 18. Journée | 19.08.2006 | Nagoya Grampus Eight | - | Júbilo Iwata | 3:1 | ||||
| 19. Journée | 23.08.2006 | Júbilo Iwata | - | JEF United Chiba | 3:1 | ||||
| 20. Journée | 26.08.2006 | Ventforet Kofu | - | Júbilo Iwata | 1:1 | ||||
| 21. Journée | 30.08.2006 | Sanfrecce Hiroshima | - | Júbilo Iwata | 2:1 | |
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| 32. Journée | 23.11.2006 | Kyoto Purple Sanga | - | Júbilo Iwata | 1:3 | |
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| 33. Journée | 26.11.2006 | Júbilo Iwata | - | Shimizu S-Pulse | 1:0 |
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