| 9. Journée | 05.10.2008 | Sigma Olomouc | - | Viktoria Žižkov | 2:0 | ||||
| 12. Journée | 02.11.2008 | FK Teplice | - | Sigma Olomouc | 0:1 | ||||
| 13. Journée | 09.11.2008 | Sigma Olomouc | - | 1. FK Příbram | 4:1 | ||||
| 14. Journée | 15.11.2008 | Tescoma Zlín | - | Sigma Olomouc | 1:1 | ||||
| 15. Journée | 23.11.2008 | Sigma Olomouc | - | Baník Ostrava | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 01.03.2009 | FK Baumit Jablonec | - | Sigma Olomouc | 1:0 | ||||
| 19. Journée | 08.03.2009 | Sigma Olomouc | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 | ||||
| 20. Journée | 15.03.2009 | Sigma Olomouc | - | SK Kladno | 1:3 | ||||
| 21. Journée | 22.03.2009 | 1. FC Brno | - | Sigma Olomouc | 1:2 | ||||
| 22. Journée | 05.04.2009 | Sigma Olomouc | - | Slavia Praha | 1:0 | ||||
| 23. Journée | 12.04.2009 | Viktoria Žižkov | - | Sigma Olomouc | 1:2 | ||||
| 27. Journée | 09.05.2009 | 1. FK Příbram | - | Sigma Olomouc | 2:1 | ||||
| 29. Journée | 23.05.2009 | Baník Ostrava | - | Sigma Olomouc | 1:1 |  |
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| 30. Journée | 30.05.2009 | Sigma Olomouc | - | Bohemians Praha | 3:0 |  |
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