| Groupe B | 20.09.2012 | Viktoria Plzeň | - | Académica de Coimbra | 3:1 | ||||
| Groupe B | 04.10.2012 | Atlético Madrid | - | Viktoria Plzeň | 1:0 | ||||
| Groupe B | 25.10.2012 | Hapoel Tel Aviv | - | Viktoria Plzeň | 1:2 | ||||
| Groupe B | 08.11.2012 | Viktoria Plzeň | - | Hapoel Tel Aviv | 4:0 | ||||
| Groupe B | 22.11.2012 | Académica de Coimbra | - | Viktoria Plzeň | 1:1 |  |
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| Groupe B | 06.12.2012 | Viktoria Plzeň | - | Atlético Madrid | 1:0 | ||||
| 2e tour | 14.02.2013 | SSC Napoli | - | Viktoria Plzeň | 0:3 |  |
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| 2e tour | 21.02.2013 | Viktoria Plzeň | - | SSC Napoli | 2:0 | |
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| tour des 16 | 07.03.2013 | Viktoria Plzeň | - | Fenerbahçe | 0:1 | ||||
| tour des 16 | 14.03.2013 | Fenerbahçe | - | Viktoria Plzeň | 1:1 | |
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