| 4. Journée | 21.08.2016 | Spartak Moskva | - | FK Krasnodar | 2:0 | ||||
| 5. Journée | 28.08.2016 | FK Krasnodar | - | Lokomotiv Moskva | 1:2 | ||||
| 8. Journée | 24.09.2016 | CSKA Moskva | - | FK Krasnodar | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 16.10.2016 | Arsenal Tula | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 12. Journée | 30.10.2016 | Anzhi Makhachkala | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 14. Journée | 20.11.2016 | FK Krasnodar | - | FK Ural | 3:0 | ||||
| 15. Journée | 27.11.2016 | FK Krasnodar | - | Zenit St. Petersburg | 2:1 | ||||
| 16. Journée | 01.12.2016 | Terek Grozny | - | FK Krasnodar | 2:1 |  |
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