| 1. Journée | 15.03.2009 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:1 | ||||
| 2. Journée | 23.03.2009 | CSKA Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 3. Journée | 05.04.2009 | FK Tom Tomsk | - | Zenit St. Petersburg | 0:3 | ||||
| 4. Journée | 11.04.2009 | Kuban Krasnodar (1928-2018) | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 5. Journée | 18.04.2009 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Nalchik | 1:0 | ||||
| 6. Journée | 26.04.2009 | FK Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 |  |
|||
| 7. Journée | 02.05.2009 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 2:1 | ||||
| 9. Journée | 17.05.2009 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Moskva | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 23.05.2009 | FK Saturn | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 11. Journée | 30.05.2009 | FK Tom Tomsk | - | Dinamo Moskva | 2:3 | ||||
| 15. Journée | 25.07.2009 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 17. Journée | 09.08.2009 | Zenit St. Petersburg | - | FK Tom Tomsk | 0:2 | ||||
| 23. Journée | 27.09.2009 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 5:0 | |
|||
| 24. Journée | 03.10.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Saturn | 3:1 | ||||
| 25. Journée | 17.10.2009 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 26. Journée | 25.10.2009 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 28. Journée | 07.11.2009 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:3 |
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