| 20. Journée | 05.02.2021 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 2:1 | ||||
| 21. Journée | 14.02.2021 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 22. Journée | 20.02.2021 | FC St. Pauli | - | SV Darmstadt 98 | 3:2 | ||||
| 23. Journée | 01.03.2021 | FC St. Pauli | - | Hamburger SV | 1:0 |  |
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| 24. Journée | 06.03.2021 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 25. Journée | 15.03.2021 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 0:2 | ||||
| 28. Journée | 10.04.2021 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 29. Journée | 17.04.2021 | FC St. Pauli | - | Würzburger Kickers | 4:0 | ||||
| 30. Journée | 21.04.2021 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 2:0 | |
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| 34. Journée | 23.05.2021 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 3:0 |
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