| 20. Journée | 28.01.2017 | SC Paderborn 07 | - | MSV Duisburg | 0:1 | ||||
| 21. Journée | 04.02.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 22. Journée | 11.02.2017 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 18.02.2017 | Werder Bremen II | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 24.02.2017 | SC Paderborn 07 | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:1 | ||||
| 25. Journée | 04.03.2017 | Holstein Kiel | - | SC Paderborn 07 | 2:1 |  |
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| 30. Journée | 01.04.2017 | SC Paderborn 07 | - | SG Sonnenhof Großaspach | 1:2 |  |
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| 31. Journée | 05.04.2017 | Hallescher FC | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 32. Journée | 08.04.2017 | SC Paderborn 07 | - | FSV Frankfurt | 3:0 |  |
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| 33. Journée | 15.04.2017 | VfR Aalen | - | SC Paderborn 07 | 4:0 |
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