| 2. Journée | 09.03.2016 | FK Sūduva | - | FK Atlantas | 1:0 |  |
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| 3. Journée | 16.03.2016 | FK Atlantas | - | Utenis Utena | 1:0 | ||||
| 4. Journée | 20.03.2016 | FK Jonava | - | FK Atlantas | 0:1 | ||||
| 5. Journée | 02.04.2016 | FK Atlantas | - | Kauno Žalgiris | 3:1 | ||||
| 7. Journée | 17.04.2016 | FK Trakai | - | FK Atlantas | 2:0 | ||||
| 14. Journée | 09.06.2016 | FK Atlantas | - | FK Trakai | 2:2 |  |
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| 15. Journée | 15.06.2016 | FK Atlantas | - | FC Stumbras | 2:0 | |
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| 16. Journée | 24.06.2016 | FK Sūduva | - | FK Atlantas | 3:3 | |
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| 20. Journée | 02.08.2016 | FK Atlantas | - | FK Žalgiris | 0:1 | ||||
| 21. Journée | 10.08.2016 | FK Trakai | - | FK Atlantas | 3:0 | ||||
| 22. Journée | 16.08.2016 | FC Stumbras | - | FK Atlantas | 0:2 | ||||
| 23. Journée | 24.08.2016 | FK Atlantas | - | FK Sūduva | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 08.09.2016 | Utenis Utena | - | FK Atlantas | 1:1 | ||||
| 25. Journée | 15.09.2016 | FK Atlantas | - | FK Jonava | 0:0 | ||||
| 26. Journée | 21.09.2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Atlantas | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 01.10.2016 | FK Žalgiris | - | FK Atlantas | 0:1 | |
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| 28. Journée | 16.10.2016 | FK Atlantas | - | FK Trakai | 0:1 |
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