| 7. Journée | 15.09.2012 | 1. FC Slovácko | - | FK Mladá Boleslav | 3:1 |  |
|||
| 8. Journée | 23.09.2012 | FK Mladá Boleslav | - | FC Hradec Králové | 1:0 | |
|||
| 9. Journée | 29.09.2012 | Baník Ostrava | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 | |
|||
| 10. Journée | 06.10.2012 | FK Mladá Boleslav | - | Sigma Olomouc | 0:1 | ||||
| 11. Journée | 22.10.2012 | Slovan Liberec | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 12. Journée | 26.10.2012 | FK Mladá Boleslav | - | Zbrojovka Brno | 1:0 | |
|||
| 14. Journée | 10.11.2012 | FK Baumit Jablonec | - | FK Mladá Boleslav | 2:3 | ||||
| 15. Journée | 19.11.2012 | FK Mladá Boleslav | - | FK Dukla Praha | 3:0 | |
|||
| 17. Journée | 24.02.2013 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FK Příbram | 1:0 | ||||
| 18. Journée | 03.03.2013 | Slavia Praha | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 19. Journée | 10.03.2013 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Plzeň | 0:2 | |
|||
| 20. Journée | 23.03.2013 | Vysočina Jihlava | - | FK Mladá Boleslav | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 29.03.2013 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FC Slovácko | 2:0 | |
|||
| 22. Journée | 07.04.2013 | FC Hradec Králové | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 | |
|||
| 25. Journée | 28.04.2013 | FK Mladá Boleslav | - | Slovan Liberec | 2:3 | |
|||
| 26. Journée | 05.05.2013 | Zbrojovka Brno | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | |
République Tchèque