| 1er tour | 14.09.2006 | Wisła Kraków | - | Iraklis Saloniki | 0:1 | ||||
| 1er tour | 28.09.2006 | Iraklis Saloniki | - | Wisła Kraków | 0:2 ap | ||||
| Groupe E | 02.11.2006 | AS Nancy Lorraine | - | Wisła Kraków | 2:1 |  |
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| Groupe E | 30.11.2006 | Wisła Kraków | - | FC Basel 1893 | 3:1 | |
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| Groupe E | 13.12.2006 | Feyenoord | - | Wisła Kraków | 3:1 | |
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