| 1. Journée | 06.08.2016 | SV Sandhausen | - | Fortuna Düsseldorf | 2:2 | ||||
| 8. Journée | 01.10.2016 | Fortuna Düsseldorf | - | Karlsruher SC | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 21.10.2016 | Fortuna Düsseldorf | - | Arminia Bielefeld | 4:0 | ||||
| 11. Journée | 29.10.2016 | 1. FC Union Berlin | - | Fortuna Düsseldorf | 0:1 | ||||
| 12. Journée | 04.11.2016 | Fortuna Düsseldorf | - | Dynamo Dresden | 0:3 | ||||
| 15. Journée | 04.12.2016 | Würzburger Kickers | - | Fortuna Düsseldorf | 0:0 | ||||
| 16. Journée | 09.12.2016 | Fortuna Düsseldorf | - | 1. FC Nürnberg | 0:2 | ||||
| 22. Journée | 25.02.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:0 | ||||
| 26. Journée | 31.03.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | TSV 1860 München | 0:1 | ||||
| 27. Journée | 04.04.2017 | Arminia Bielefeld | - | Fortuna Düsseldorf | 2:1 | ||||
| 28. Journée | 09.04.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | 1. FC Union Berlin | 2:2 |  |
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| 30. Journée | 21.04.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 1:3 |  |
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| 31. Journée | 30.04.2017 | Hannover 96 | - | Fortuna Düsseldorf | 1:0 | |
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| 32. Journée | 06.05.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | Würzburger Kickers | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 21.05.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | Erzgebirge Aue | 1:0 |
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