| 6. Journée | 02.10.2016 | Panathinaikos | - | Asteras Tripolis | 3:1 | ||||
| 8. Journée | 24.10.2016 | Veria FC | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 9. Journée | 30.10.2016 | Panathinaikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 |  |
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| 12. Journée | 27.11.2016 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 1:1 | |
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| 13. Journée | 04.12.2016 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 11.12.2016 | Atromitos | - | Panathinaikos | 0:1 | |
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| 1. Journée | 05.01.2017 | Platanias Chanion | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 2. Journée | 09.01.2017 | Panathinaikos | - | AO Kerkyra | 1:0 | ||||
| 16. Journée | 19.01.2017 | Panathinaikos | - | Platanias Chanion | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 29.01.2017 | Panathinaikos | - | Levadiakos | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 12.02.2017 | Panathinaikos | - | Panetolikos | 4:0 | ||||
| 21. Journée | 18.02.2017 | Asteras Tripolis | - | Panathinaikos | 0:5 | ||||
| 23. Journée | 04.03.2017 | Panathinaikos | - | Veria FC | 5:0 | ||||
| 27. Journée | 06.04.2017 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 1:0 | |
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| 28. Journée | 09.04.2017 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 3:0 |
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