| 1er tour | 02.07.2013 | Metalurg Skopje | - | Qarabağ FK | 0:1 | ||||
| 1er tour | 11.07.2013 | Qarabağ FK | - | Metalurg Skopje | 1:0 | ||||
| 2e tour | 18.07.2013 | Qarabağ FK | - | Piast Gliwice | 2:1 | ||||
| 2e tour | 25.07.2013 | Piast Gliwice | - | Qarabağ FK | 2:2 ap |  |
|||
| 3e tour | 01.08.2013 | Qarabağ FK | - | Gefle IF | 1:0 | ||||
| 3e tour | 08.08.2013 | Gefle IF | - | Qarabağ FK | 0:2 | ||||
| Play-offs | 22.08.2013 | Qarabağ FK | - | Eintracht Frankfurt | 0:2 | ||||
| Play-offs | 29.08.2013 | Eintracht Frankfurt | - | Qarabağ FK | 2:1 |
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