| 19. Journée | 03.12.2016 | 1. FC Köln II | - | FC Schalke 04 II | 2:1 | ||||
| 20. Journée | 10.12.2016 | Bor. Mönchengladbach II | - | 1. FC Köln II | 2:1 |  |
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| 23. Journée | 04.03.2017 | Rot-Weiß Oberhausen | - | 1. FC Köln II | 3:1 | ||||
| 24. Journée | 11.03.2017 | 1. FC Köln II | - | TSG Sprockhövel | 3:0 | |
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| 25. Journée | 18.03.2017 | SC Wiedenbrück | - | 1. FC Köln II | 2:3 | |
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| 29. Journée | 22.03.2017 | Fortuna Düsseldorf II | - | 1. FC Köln II | 1:2 | ||||
| 27. Journée | 01.04.2017 | Wuppertaler SV | - | 1. FC Köln II | 1:3 | ||||
| 28. Journée | 08.04.2017 | 1. FC Köln II | - | Viktoria Köln | 2:0 | ||||
| 30. Journée | 24.04.2017 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiss Essen | 1:3 | ||||
| 32. Journée | 06.05.2017 | 1. FC Köln II | - | Rot Weiss Ahlen | 4:2 |
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