| 1. Journée | 29.07.2019 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 2. Journée | 02.08.2019 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:3 | ||||
| 3. Journée | 17.08.2019 | VfB Stuttgart | - | FC St. Pauli | 2:1 |  |
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| 4. Journée | 26.08.2019 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 2:1 | ||||
| 5. Journée | 31.08.2019 | Dynamo Dresden | - | FC St. Pauli | 3:3 |  |
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| 6. Journée | 16.09.2019 | FC St. Pauli | - | Hamburger SV | 2:0 | ||||
| 7. Journée | 22.09.2019 | VfL Osnabrück | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 8. Journée | 29.09.2019 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 2:0 | |
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| 9. Journée | 06.10.2019 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 19.10.2019 | FC St. Pauli | - | SV Darmstadt 98 | 0:1 | ||||
| 11. Journée | 27.10.2019 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 12. Journée | 02.11.2019 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 2:2 | ||||
| 13. Journée | 08.11.2019 | FC St. Pauli | - | VfL Bochum | 1:1 | ||||
| 14. Journée | 22.11.2019 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 3:1 | ||||
| 15. Journée | 30.11.2019 | FC St. Pauli | - | Hannover 96 | 0:1 | ||||
| 16. Journée | 08.12.2019 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 1:0 |
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