| 7. Journée | 21.09.2008 | Sigma Olomouc | - | 1. FC Brno | 1:1 | ||||
| 8. Journée | 28.09.2008 | 1. FC Brno | - | SK Kladno | 2:0 | ||||
| 9. Journée | 05.10.2008 | FK Baumit Jablonec | - | 1. FC Brno | 2:0 | ||||
| 10. Journée | 19.10.2008 | Viktoria Žižkov | - | 1. FC Brno | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 26.10.2008 | 1. FC Brno | - | Dynamo České Budějovice | 1:1 | ||||
| 12. Journée | 02.11.2008 | Slavia Praha | - | 1. FC Brno | 2:1 | ||||
| 13. Journée | 09.11.2008 | 1. FC Brno | - | Viktoria Plzeň | 1:2 | ||||
| 14. Journée | 17.11.2008 | FK Teplice | - | 1. FC Brno | 1:0 | ||||
| 15. Journée | 23.11.2008 | 1. FC Brno | - | Tescoma Zlín | 3:0 | ||||
| 16. Journée | 29.11.2008 | Slovan Liberec | - | 1. FC Brno | 0:0 |  |
|||
| 17. Journée | 22.02.2009 | 1. FC Brno | - | Baník Ostrava | 2:0 | ||||
| 18. Journée | 02.03.2009 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FC Brno | 2:4 | ||||
| 19. Journée | 08.03.2009 | 1. FC Brno | - | Bohemians Praha | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 16.03.2009 | AC Sparta Praha | - | 1. FC Brno | 4:0 | ||||
| 21. Journée | 22.03.2009 | 1. FC Brno | - | Sigma Olomouc | 1:2 | ||||
| 22. Journée | 05.04.2009 | SK Kladno | - | 1. FC Brno | 1:0 | ||||
| 23. Journée | 12.04.2009 | 1. FC Brno | - | FK Baumit Jablonec | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 19.04.2009 | 1. FC Brno | - | Viktoria Žižkov | 0:2 |
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