| 1. Journée | 20.07.2024 | Sk Lisen | - | FC Zlín | 0:0 | ||||
| 6. Journée | 16.08.2024 | FC Sellier & Bellot Vlašim | - | FC Zlín | 1:3 | ||||
| 10. Journée | 22.09.2024 | Baník Ostrava B | - | FC Zlín | 0:1 | ||||
| 11. Journée | 28.09.2024 | FC Zlín | - | AC Sparta Praha B | 2:0 | ||||
| 12. Journée | 06.10.2024 | FK Varnsdorf | - | FC Zlín | 0:2 | ||||
| 9. Journée | 22.10.2024 | FC Zlín | - | Vysočina Jihlava | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 09.11.2024 | FK MAS Táborsko | - | FC Zlín | 0:0 | ||||
| 17. Journée | 03.03.2025 | FC Zlín | - | 1. SK Prostějov | 3:0 | ||||
| 18. Journée | 09.03.2025 | Sigma Olomouc B | - | FC Zlín | 1:2 | ||||
| 21. Journée | 06.04.2025 | Slavia Praha B | - | FC Zlín | 0:1 | ||||
| 22. Journée | 11.04.2025 | FC Zlín | - | Zbrojovka Brno | 1:1 | ||||
| 23. Journée | 16.04.2025 | Vysočina Jihlava | - | FC Zlín | 1:1 | ||||
| 24. Journée | 20.04.2025 | FC Zlín | - | Baník Ostrava B | 1:1 | ||||
| 25. Journée | 27.04.2025 | AC Sparta Praha B | - | FC Zlín | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 02.05.2025 | FC Zlín | - | FK Varnsdorf | 2:0 | ||||
| 29. Journée | 17.05.2025 | MFK Chrudim | - | FC Zlín | 0:0 |  |
|||
| 30. Journée | 25.05.2025 | FC Zlín | - | Sk Lisen | 2:1 |
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