| 17. Journée | 01.03.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Biel/Bienne | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 08.03.2009 | FC Locarno | - | FC Concordia Basel | 3:1 | ||||
| 19. Journée | 13.03.2009 | FC Concordia Basel | - | Servette FC | 3:1 |  |
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| 22. Journée | 11.04.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Stade Nyonnais | 2:1 | ||||
| 23. Journée | 20.04.2009 | FC Wohlen | - | FC Concordia Basel | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 23.04.2009 | FC La Chaux-de-Fonds | - | FC Concordia Basel | 2:1 | ||||
| 25. Journée | 26.04.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Wil 1900 | 3:4 | ||||
| 26. Journée | 02.05.2009 | FC Lausanne-Sport | - | FC Concordia Basel | 2:3 | ||||
| 27. Journée | 11.05.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Lugano | 2:3 | ||||
| 30. Journée | 28.05.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Schaffhausen | 3:0 |
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