| 14. Journée | 15.02.2009 | FC Locarno | - | FC Gossau | 3:4 |  |
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| 17. Journée | 28.02.2009 | FC Lausanne-Sport | - | FC Gossau | 1:1 | ||||
| 18. Journée | 08.03.2009 | FC Gossau | - | FC Lugano | 0:1 | |
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| 19. Journée | 15.03.2009 | FC Winterthur | - | FC Gossau | 2:1 |  |
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| 20. Journée | 20.03.2009 | FC Gossau | - | FC Stade Nyonnais | 2:3 | ||||
| 16. Journée | 28.03.2009 | FC Gossau | - | FC Wil 1900 | 0:0 | |
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| 21. Journée | 03.04.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Gossau | 2:1 | ||||
| 22. Journée | 09.04.2009 | FC La Chaux-de-Fonds | - | FC Gossau | 3:1 | |
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| 23. Journée | 17.04.2009 | FC Gossau | - | FC Thun | 4:3 | ||||
| 24. Journée | 22.04.2009 | FC Gossau | - | FC Schaffhausen | 1:0 | |
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| 25. Journée | 25.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Gossau | 4:1 | ||||
| 26. Journée | 02.05.2009 | FC Gossau | - | Yverdon Sport FC | 0:4 | ||||
| 27. Journée | 09.05.2009 | FC Biel/Bienne | - | FC Gossau | 4:1 | ||||
| 28. Journée | 16.05.2009 | FC Wohlen | - | FC Gossau | 2:0 | ||||
| 29. Journée | 24.05.2009 | FC Gossau | - | FC Locarno | 0:4 | |
Slovénie