| 18. Journée | 01.02.2009 | Hansa Rostock | - | MSV Duisburg | 0:1 | ||||
| 19. Journée | 06.02.2009 | Alemannia Aachen | - | Hansa Rostock | 3:3 | ||||
| 22. Journée | 27.02.2009 | Hansa Rostock | - | Rot Weiss Ahlen | 0:0 | ||||
| 24. Journée | 15.03.2009 | Hansa Rostock | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 25. Journée | 20.03.2009 | TuS Koblenz | - | Hansa Rostock | 1:1 | ||||
| 26. Journée | 05.04.2009 | Hansa Rostock | - | FSV Frankfurt | 2:0 | ||||
| 27. Journée | 09.04.2009 | SpVgg Greuther Fürth | - | Hansa Rostock | 0:1 | ||||
| 28. Journée | 17.04.2009 | Hansa Rostock | - | Rot-Weiß Oberhausen | 3:1 | ||||
| 29. Journée | 27.04.2009 | VfL Osnabrück | - | Hansa Rostock | 0:0 | ||||
| 30. Journée | 01.05.2009 | Hansa Rostock | - | 1. FC Kaiserslautern | 5:1 | ||||
| 32. Journée | 12.05.2009 | Hansa Rostock | - | FC Augsburg | 3:3 |  |
 |
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| 33. Journée | 17.05.2009 | Hansa Rostock | - | 1. FC Nürnberg | 0:0 | ||||
| 34. Journée | 24.05.2009 | SV Wehen Wiesbaden | - | Hansa Rostock | 1:1 |
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