| 17. Journée | 25.05.2024 | Ventforet Kofu | - | Yokohama FC | 1:2 | ||||
| 18. Journée | 01.06.2024 | Yokohama FC | - | Ehime FC | 2:1 | ||||
| 19. Journée | 08.06.2024 | Tokushima Vortis | - | Yokohama FC | 0:1 | ||||
| 20. Journée | 15.06.2024 | Fujieda MyFC | - | Yokohama FC | 1:3 |  |
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| 21. Journée | 22.06.2024 | Yokohama FC | - | Roasso Kumamoto | 5:0 | |
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| 22. Journée | 29.06.2024 | Iwaki FC | - | Yokohama FC | 0:4 | ||||
| 23. Journée | 06.07.2024 | Yokohama FC | - | Blaublitz Akita | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 14.07.2024 | Mito HollyHock | - | Yokohama FC | 2:2 | ||||
| 37. Journée | 03.11.2024 | Yokohama FC | - | Tochigi SC | 0:0 | ||||
| 38. Journée | 10.11.2024 | Renofa Yamaguchi | - | Yokohama FC | 0:0 |
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