| 3. Journée | 19.02.2009 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 3:0 | ||||
| 6. Journée | 08.03.2009 | Deportivo Cali | - | Atlético Junior | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 20.03.2009 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 9. Journée | 22.03.2009 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 0:2 | ||||
| 10. Journée | 05.04.2009 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 3:1 | ||||
| 12. Journée | 19.04.2009 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 2:1 | ||||
| 11. Journée | 24.04.2009 | Envigado FC | - | Atlético Junior | 3:2 | ||||
| 13. Journée | 26.04.2009 | Deportivo Pereira | - | Atlético Junior | 1:3 | ||||
| 14. Journée | 30.04.2009 | Atlético Junior | - | La Equidad | 1:1 | ||||
| 15. Journée | 03.05.2009 | América de Cali | - | Atlético Junior | 3:0 | ||||
| 16. Journée | 10.05.2009 | Atlético Junior | - | Atlético Huila | 4:0 |  |
|||
| 17. Journée | 14.05.2009 | Atlético Junior | - | Deportes Quindío | 4:1 | ||||
| 18. Journée | 17.05.2009 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 1:0 |
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