| 25. Journée | 09.02.2013 | Villarreal CF | - | SD Ponferradina | 3:0 |  |
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| 26. Journée | 17.02.2013 | Hércules CF | - | Villarreal CF | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 24.02.2013 | Villarreal CF | - | UD Las Palmas | 1:1 | |
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| 28. Journée | 03.03.2013 | Córdoba CF | - | Villarreal CF | 0:2 | ||||
| 29. Journée | 10.03.2013 | Villarreal CF | - | Sporting Gijón | 2:1 | ||||
| 30. Journée | 16.03.2013 | SD Huesca | - | Villarreal CF | 0:1 | ||||
| 31. Journée | 24.03.2013 | Villarreal CF | - | Recreativo Huelva | 1:1 | ||||
| 32. Journée | 31.03.2013 | CD Mirandés | - | Villarreal CF | 1:5 | |
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| 33. Journée | 07.04.2013 | Villarreal CF | - | CD Numancia | 6:1 | |
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| 34. Journée | 14.04.2013 | Real Murcia | - | Villarreal CF | 1:1 | ||||
| 35. Journée | 21.04.2013 | Villarreal CF | - | Racing Santander | 1:0 | ||||
| 36. Journée | 27.04.2013 | CD Lugo | - | Villarreal CF | 0:0 | ||||
| 37. Journée | 05.05.2013 | Villarreal CF | - | Elche CF | 2:3 | |
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| 38. Journée | 12.05.2013 | AD Alcorcón | - | Villarreal CF | 1:3 | ||||
| 39. Journée | 18.05.2013 | Villarreal CF | - | Girona FC | 4:1 | |
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| 40. Journée | 27.05.2013 | Villarreal CF | - | Xerez CD | 3:2 | ||||
| 41. Journée | 02.06.2013 | FC Barcelona B | - | Villarreal CF | 0:3 | |
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| 42. Journée | 08.06.2013 | Villarreal CF | - | UD Almería | 1:0 | |
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