| 9. Journée | 16.09.2012 | FK Dukla Banská Bystrica | - | MŠK Žilina | 2:2 |  |
|||
| 10. Journée | 22.09.2012 | MŠK Žilina | - | 1. FC Tatran Prešov | 3:0 | ||||
| 11. Journée | 29.09.2012 | MFK Košice | - | MŠK Žilina | 1:1 | ||||
| 12. Journée | 06.10.2012 | Spartak Myjava | - | MŠK Žilina | 1:1 | ||||
| 13. Journée | 20.10.2012 | Spartak Trnava | - | MŠK Žilina | 1:2 | ||||
| 14. Journée | 28.10.2012 | MŠK Žilina | - | Slovan Bratislava | 0:0 | ||||
| 15. Journée | 03.11.2012 | FK Senica | - | MŠK Žilina | 0:0 | ||||
| 16. Journée | 11.11.2012 | MŠK Žilina | - | AS Trenčín | 0:0 | ||||
| 17. Journée | 17.11.2012 | MFK Ružomberok | - | MŠK Žilina | 1:0 | ||||
| 18. Journée | 23.11.2012 | MŠK Žilina | - | Zlaté Moravce | 4:1 |  |
|||
| 19. Journée | 30.11.2012 | FC Nitra | - | MŠK Žilina | 2:0 | ||||
| 21. Journée | 09.03.2013 | 1. FC Tatran Prešov | - | MŠK Žilina | 0:0 | ||||
| 22. Journée | 17.03.2013 | MŠK Žilina | - | MFK Košice | 0:1 | ||||
| 24. Journée | 02.04.2013 | MŠK Žilina | - | Spartak Trnava | 1:1 | |
|||
| 25. Journée | 06.04.2013 | Slovan Bratislava | - | MŠK Žilina | 1:1 | ||||
| 26. Journée | 13.04.2013 | MŠK Žilina | - | FK Senica | 0:1 |
Slovaquie