| 1. Journée | 23.08.1998 | Panionios GSS | - | AEK Athen | 1:3 | ||||
| 2. Journée | 30.08.1998 | Ionikos Nikea | - | Panionios GSS | 4:3 | ||||
| 3. Journée | 13.09.1998 | Panionios GSS | - | Apollon Smyrnis | 4:2 |  |
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| 4. Journée | 21.09.1998 | Aris Saloniki | - | Panionios GSS | 2:1 |  |
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| 5. Journée | 27.09.1998 | Panionios GSS | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 3:0 | ||||
| 6. Journée | 04.10.1998 | AO Kavala | - | Panionios GSS | 1:5 |  |
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| 8. Journée | 31.10.1998 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 9. Journée | 08.11.1998 | Panionios GSS | - | OFI Heraklion | 0:1 | ||||
| 24. Journée | 21.03.1999 | Veria FC | - | Panionios GSS | 3:1 | ||||
| 25. Journée | 03.04.1999 | Panionios GSS | - | Panathinaikos | 0:2 | ||||
| 26. Journée | 18.04.1999 | OFI Heraklion | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 27. Journée | 26.04.1999 | Panionios GSS | - | Ethnikos Piraeus | 2:0 | ||||
| 28. Journée | 02.05.1999 | Paniliakos Pyrgos | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 29. Journée | 08.05.1999 | Panionios GSS | - | Iraklis Saloniki | 3:2 | ||||
| 31. Journée | 16.05.1999 | Panionios GSS | - | Skoda Xanthi | 0:2 | ||||
| 32. Journée | 19.05.1999 | Ethnikos Asteras | - | Panionios GSS | 2:2 | |
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| 34. Journée | 30.05.1999 | PAOK Saloniki | - | Panionios GSS | 3:0 |
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